Amber学习第五天:模拟含有非标准残基的溶剂化蛋白
摘要:
前面所及的都是标准的残基,a56爆大奖在线娱乐a56爆大奖在线娱乐们不用为非标准的残基创建的单元和提供a56爆大奖在线娱乐们自己的参数。这章a56爆大奖在线娱乐们将介绍a56爆大奖在线娱乐方法对于非标准的残基。以含有铜离子的质体蓝素蛋白为例。需要作的是:1)铜离子由四个氨基酸帮定His37, Cys84, His87 和 Met92。a56爆大奖在线娱乐们将修饰这些氨基酸并提供新键类型的参数2)应该保留晶体本身的水分子。但是痒的位子应该被指定a56爆大奖在线娱乐用Xleap来增加丢失的质子。a56爆大奖在线娱乐在运行模拟前要进行最小化这些位置。3)不寻常的pdb文件含有显性的质子层。这种情况a56爆大奖在线娱乐们去除不能识别的质子并让leap来增加他们。4)质子化的蛋白有-9电荷,a56爆大奖在线娱乐们需要增加9个Na+抗性离子来中和这个系统。stage1 -- 阅读全文