原生態

Amber 模拟蛋白流程

摘要： amber中生成小分子模板amber, 小分子, 模板第一步：生成小分子模板蛋白质中各氨基酸残基的力参数是预先存在的，但是很多模拟过程会涉及配体分子，这些有机小分子有很高的多样性，他们的力参数和静电信息不可能预存在库文件中，需要根据需要自己计算生成模板。amber中的antechamber 程序就是生成小分子模板的。生成模板要进行量子化学计算，这一步可以由antechamber中附带的mopac完成，也可以由gaussian完成，这里介绍用gaussian计算的过程。建议在计算前用sybyl软件将小分子预先优化，不要用gaussian优化，大基组从头计算进行几何优化花费的计算时间太长。ga 阅读全文

posted @ 2013-05-08 14:07 原生態阅读(3643) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Amber 的安装

摘要： Amber111. 安装intel compilers 从intel官方网站上下载非商业版本的intel C++ compiler (icc) and intel fortran compiler (ifort) 当前的版本为2011.6.233,同时会获得一个非商业的licenses (one year available)，会发到你申请时填写的email中)。下载地址：http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/解压，进入解压后的目录，进行安装：cd /home/soft/l_fcom 阅读全文

posted @ 2013-05-06 12:42 原生態阅读(1914) 评论(0) 推荐(0) 编辑

挂载硬盘报错无法挂载

摘要：挂载硬盘报错无法挂载：# mount /dev/sdb1 /mnt/sdb1mount:wrong fs type, bad option, bad superblock on /dev/sdb1, missingcodepage or other error Insome cases useful info is found in syslog - try dmesg| tail or so解决方案：这种情况一般为superblock损坏的概率很大。superblock是什么？分区的第一块superblock位于分区的第二块block。如果分区的blocksize是1024，则superbl 阅读全文

posted @ 2013-05-05 16:32 原生態阅读(1585) 评论(0) 推荐(0) 编辑

xmgrace的配置

摘要： origin是没有linux下版本的，但有一些软件可以代替origin作为数据处理及画图工具的，xmgr就不错，虽然只能画两维的图，但功能还是不错的，现在就其安装方法介绍如下：如果在redhat上没有安装xmgr的话，首先在http://rpmfind.net/linux/rpm2html/search.php?query=libXp.so.6下载Red Hat Linux 5.0 for i386的XFree86-libs-3.3.1-14.i386.rpm包安装：rpm -ivh XFree86 ＊.rpm 之后在ftp://plasma-gate.weizmann.ac.il/pub/ 阅读全文

posted @ 2013-05-03 21:28 原生態阅读(412) 评论(0) 推荐(0) 编辑

怎么查看redhat版本

摘要：怎么查看redhat版本第a56爆大奖在线娱乐： [root@css /]# cat /etc/redhat-release Red Hat Enterprise Linux AS release 4 (Nahant Update 2) 第二种： [root@css /]# cat /etc/issue Red 阅读全文

posted @ 2013-04-23 16:47 原生態阅读(1025) 评论(0) 推荐(0) 编辑

redhat 的安装及grub live-cd 的引导

摘要：主机的配置：硬盘：2T；cpu: 8主要出现的问题是：每次安装redhat5.6都要修复grub.不知道是显卡还是硬盘的问题用U盘做redhat镜像；一般在装的过程中应该注意：grub安装引导程序装载的位置，默认的为U盘，需要改为硬盘。以及后面要选的安装软件。live-cd 引导grub:在安装完r... 阅读全文

posted @ 2012-12-02 14:47 原生態阅读(1414) 评论(0) 推荐(0) 编辑

AutoDock 的安装及 virtual screening 的配置

摘要： AutoDock 的安装：（1）下载ADT工具包和AutoDock4；ADT下载地址：http://mgltools.scripps.edu/downloads mgltools_x86_64Linux2_latest.tar.gzAutoDock 4.2.3下载：linux for intel 32-bit http://autodock.scripps.edu/downloads/previous-releases/autodock-4-2.3-1（2）安装MGLTtools直接双击MGLTools-1.5.0-Linux-x86-Install 文件就开始安装，安装中会出现安装界面，一步阅读全文

posted @ 2012-11-13 18:38 原生態阅读(2097) 评论(0) 推荐(1) 编辑

Openbabel的安装

摘要：安装平台：Redhat5.4由于没有专门的redhat rpm包或者有rmp包但其对一些lib包的依赖性很强，是很难利用rpm包在redhat上装上的，除非用yum.还有a56爆大奖在线娱乐方法是现编译一个openbabel。首先从官网上下载openbabel的源代码（版本为2.3.1）还要有C++编译器（系统自带GCC）和CMake2.4（需要安装）CMake的安装：从cmake官网下载源代码（版本2.8.9）在解压后的文件中运行: $./bootstrap $make $make install安装好这些后，可以安装openbabel了；$ tar -zxvf openbabel-2.3.1.tar.gz 阅读全文

posted @ 2012-09-10 15:35 原生態阅读(4698) 评论(3) 推荐(0) 编辑

Amber学习第八天：含有配体的蛋白分子动力学

摘要：基本信息：如果在蛋白中有配体的分子的话，那么你需要建立力场文件，导入额外的ligand.frcmod和ligand.lib到tleap中。注意：原子的名字和原子的顺序要与PDB文件的相一致假设在你的蛋白中有辅因子和基质。首先要对你的配体检测amber力场库和电荷库tleap -s -f leaprc.ff99SB> loadamberparams cofactor.frcmod> loadamberparams substrate.frcmod> loadoff cofactor.lib> loadoff substrate.lib> mol = loadpdb 阅读全文

posted @ 2012-07-09 19:19 原生態阅读(2145) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Amber学习第七天：蛋白分子动力学的模拟

摘要： 1.系统的准备：假设有一个PDB文件含有500多个残基并且构成两条链。首先修饰PDB文件：除去remarks, connectivity data 和 HETATM lines的数据(不包括晶体水)，然后增加TER标签在蛋白链间和改变一些氨基酸的名字如：HIS to HIE, HID or HIP；和CYS。tleap -s -f leaprc.ff99SB (告诉tleap将载入ff99SB力场，接下来载入蛋白）> mol = loadpdb protein.pdb (这将增加氢到结构中)> solvatebox mol TIP3PBOX 12.0 （加12埃的水盒子）> 阅读全文

posted @ 2012-07-05 21:07 原生態阅读(7091) 评论(0) 推荐(1) 编辑