原生態

Amber安装并行

摘要：现在简单介绍一下amber12中安装openmpi并行的过程。1. 下载openmpi版本在1.5-1.9之间的（openmpi-1.6.5.tar.bz2）这是因为$AMBERHOME/AmberTools/src/configure_openmpi 文件中的下面这句话：mpidirs=`/bin/ls -d openmpi-1.[5-9]*/ 2>/dev/null | tail -n 1`2. 下载完成之后进行解压一定要解压到 $AMBERHOME/AmberTools/src 这个目录3. 运行./configure_openmpi gnu （intel）安装完成之后一定要设置环阅读全文

posted @ 2014-02-25 18:53 原生態阅读(2628) 评论(0) 推荐(0) 编辑

circos---基因分布

摘要： http://circos.ca/guide/ 阅读全文

posted @ 2013-12-30 20:04 原生態阅读(334) 评论(0) 推荐(0) 编辑

mono安装

摘要： linux上的DotNET,安装mono 当前，在Linux系统上架设ASP.NET网站、建设WEB应用工程项目已经在国内流行起来，而“Mono+Jexus”架构模式是Linux承载ASP.NET企业级应用的极为重要的架构方式.a56爆大奖在线娱乐主要基于该社区的技术资料，外加一点a56爆大奖在线娱乐个人在搭建“Mono+Jexus”架构时的一点心得体会。关于“Mono+Jexus”架构模式更多详细内容,请访问http://www.linuxdot.net/。系统:Ubuntu服务器版12.04，安装过程中只选择了OpenSSH。一、编译环境这个是新安装的系统，得先构建一个编译环境，以顺利完成对mono源文件的编译安装。以下阅读全文

posted @ 2013-12-20 14:54 原生態阅读(980) 评论(0) 推荐(1) 编辑

Zn离子参数

摘要： Generating Topology and Coordinates Files Using xLeap (AmberTools V1.5) Parameter and example files:leaprc.zincznb.libhin.libhydroxide.libfrcmod.zincoriginal_zinc.pdbrevised_zinc.pdbDownload and copy the parameter files to respective directories (see commands below).cp leaprc.zinc $AMBERHOME/dat/lea 阅读全文

posted @ 2013-12-18 18:55 原生態阅读(1595) 评论(1) 推荐(0) 编辑

Generating non-standard residues

摘要： http://sf.anu.edu.au/~vvv900/amber-tutorial/1cgh-nonstandard/index.html 阅读全文

posted @ 2013-11-16 21:46 原生態阅读(374) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言---热图的制作

摘要： >install.packages("gplots") > library("gplots")> p <- data.frame(read.table("test.txt",header = T, sep="\t"))> row.names(p) <- p$gene> p <- p[,2:21]> 阅读全文

posted @ 2013-11-08 17:04 原生態阅读(1535) 评论(0) 推荐(0) 编辑

乙醇脱氢酶力场文件的处理（含ZN，NAD，乙醇）

摘要：很多蛋白质在行驶生物催化反应（如ATP水解，氨基酸的乙酰化，CoA的去乙酰化，甲基化等等）都需要金属离子（Mg，Zn，Ca等等）的参与，换句话说，金属离子对蛋白功能是必须的。模拟金属酶体系，现在也是分子动力学中的热点及难点，尤其现在结合量子力学与分子力学的方法（QM/MM）更是前言。以Amber为例1.金属的参数文件(在amber中不包括)：（1）Ca离子的0 0 2Calsium IonCALCAL INT 1CORR OMIT DU BEG0.0000001 DUMM DU M 0 -1 -2 0.0000 0.0000 0.0000 0.0002 DUMM DU M 1 0 -1 1.0 阅读全文

posted @ 2013-11-02 22:10 原生態阅读(1881) 评论(1) 推荐(0) 编辑

grub的安装与配置-------引导redhat grub

摘要： 1.安装有两种方法：a.在联网的情况下，用新立德安装：apt-get install grubb.在没网的时候，特别是linux网卡驱动没有安装：自己从http://packages.ubuntu.com/zh-cn/precise/amd64/grub/download上下载：grub_0.97-... 阅读全文

posted @ 2013-10-21 21:21 原生態阅读(1376) 评论(0) 推荐(0) 编辑

redhat 5的中文包安装

摘要：中文包文件名.在iso文件的/server/文件夹下fonts-chinese-3.02-9.6.el5.noarch.rpmfonts-ISO8859-2-75dpi-1.0-17.1.noarch.rpm双击运行他们修改 /etc/sysconfig/i18n 文件，如LANG="en_US"，xwindow会显示英文界面，LANG="zh_CN.GB18030"，xwindow会显示中文界面。或者点击系统工具栏->系统->管理->语言，更改为chinese(PRC) 安装中文输入法 ,要找到以下文件（也在/server文件夹下）：阅读全文

posted @ 2013-08-22 11:17 原生態阅读(566) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux系统进入单用户模式

摘要：进入单用户模式可进行root账户和其他普通账户的密码的修改1）Ubuntu开机到grub时(在开机时长按shift键)，用上下键移到第二行的恢复模式（recovery mode），按e（注意不是回车）把 ro single改成 rw quiet init=/bin/bash然后按Ctrl+x2）redhat1）开机出现倒数秒---回车2)看见RedHat Enterprise Linux Server(2.6.18.el5xen)3)输入e4)选择module/vmliunuz-2.6.18-8.el5xen ro root=LABEL=/ rhgb quiet再输入e修改为module/vm 阅读全文

posted @ 2013-07-02 11:21 原生態阅读(368) 评论(0) 推荐(0) 编辑