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amber进行分子动力学模拟水盒子和density需要注意的事项

2021-11-18 11:41  丨o聽乄雨o丨  阅读(977)  评论(0)  编辑  收藏  举报
水盒子要加厚： 越大的体系，一开始水盒子得加的越厚，因为有空隙会收缩，需要保证收缩后仍大于cutoff值+2A，否则一个周期内的蛋白会和另一个周期内的自己作用，而发生形变。。a56爆大奖在线娱乐水盒子要厚，一般a56爆大奖在线娱乐默认盒子12A起，density也要多步，至少4次5000步，最后看密度波动，波动值小于1%了就可以走下